Nest-PCR和PCR-RFLP在恶性疟原虫地理株基因分型及多态性研究中的应用

中国寄生虫学与寄生虫病杂志 ›› 2008, Vol. 26 ›› Issue (2): 4-98.

Nest-PCR和PCR-RFLP在恶性疟原虫地理株基因分型及多态性研究中的应用

张青锋,胡晶莹,杨月欣,潘卫庆*

同济大学传染病与疫苗研究所，上海 200092

收稿日期:1900-01-01 修回日期:1900-01-01 出版日期:2008-04-30 发布日期:2008-04-30
通讯作者: 潘卫庆

Genotyping and Polymorphism Analysis of Plasmodium falciparumIsolates by Nest-PCR and PCR-RFLP

ZHANG Qing-feng,HU Jing-ying,YANG Yue-xin,PAN Wei-qing*

Institute of Infectious Diseases and Vaccine Development，Tongji University，Shanghai 200092，China

Received:1900-01-01 Revised:1900-01-01 Online:2008-04-30 Published:2008-04-30
Contact: PAN Wei-qing

摘要/Abstract

摘要： 目的分析套式PCR（nest-PCR）和限制性内切酶片段长度多态性（PCR-RFLP）方法在恶性疟原虫地理株裂殖子表面蛋白（MSP2）基因多态性研究中的分型效率及特异性。方法分别在海南省三亚市和云南省腾冲县等地通过静脉采血法采集疟疾患者血样98份，其中恶性疟88份，间日疟10份。另从上海地区的健康人群中抽取10份血样作为阴性对照。用nest-PCR和PCR-RFLP方法分别对疟原虫地理株进行MSP2等位基因分型，并对分型结果进行归纳和比较分析。结果常规nest-PCR方法对于恶性疟原虫地理株MSP2等位基因的总检出效率为79.8％（166/208），其中，对于FC27家族等位基因的检出效率为92.7％（101/109），但对3D7家族等位基因的检出率仅为65.7％（65/99），且无法鉴定具体的等位基因。PCR-RFLP分型法检出效率比nest-PCR法提高了20.2%，且特异性好。结论 PCR-RFLP相对于常规的nest-PCR分型法具有检出效率、分辨率和特异性皆高的优点，可以鉴定地理株中具体的等位基因类型。

关键词: 恶性疟原虫, MSP-2, RFLP, 等位基因分型

Abstract: Objective To analyze the efficiency and specificity of MSP2 alleles genotyping for Plasmodium falciparum isolates by Nest-PCR and PCR-RFLP. Methods MSP2 alleles from Plasmodium falciparum isolates of Yunnan and Hainan were genotyped by Nest-PCR and PCR-RFLP， respectively， and the efficiency and specificity of the two methods were analyzed. Results The conventional Nest-PCR method could detect 79.8% （166/208） alleles of MSP2，and 65.7% （65/99） for 3D7 family， but could not identify the type of any allele. While PCR-RFLP showed 25.3% higher genotyping efficiency than Nest-PCR. Moreover， this method could identify the allele types. Conclusion PCR-RFLP genotyping technique is more efficient and specific than conventional Nest-PCR， and it is a convenient tool in the study on molecular epidemiology of malaria.

Key words: Plasmodium falciparum, MSP-2, RFLP, Allele genotyping

张青锋;胡晶莹;杨月欣;潘卫庆. Nest-PCR和PCR-RFLP在恶性疟原虫地理株基因分型及多态性研究中的应用[J]. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志, 2008, 26(2): 4-98.

ZHANGQing-feng;HUJing-ying;YANGYue-xin;PANWei-qing*. Genotyping and Polymorphism Analysis of Plasmodium falciparumIsolates by Nest-PCR and PCR-RFLP[J]. Chinese Journal of Parasitology and Parasitic Diseases, 2008, 26(2): 4-98.

[1]	周瑞敏, 纪鹏慧, 李素华, 杨成运, 刘颖, 钱丹, 邓艳, 鲁德领, 赵玉玲, 赵东阳, 张红卫. 河南省自赤道几内亚输入的恶性疟原虫抗药性基因多态性分析[J]. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志, 2023, 41(5): 593-600.
[2]	徐少杰, 陈绅波, 陈军虎. 恶性疟原虫重复散布家族基因转录调控的研究进展[J]. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志, 2023, 41(3): 374-379.
[3]	田斌, 廖瑜, 文岚, 肖芳, 张兵, 申晓君. 长沙市122例输入性恶性疟原虫多药抗性基因1拷贝数变异分析[J]. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志, 2022, 40(1): 127-131.
[4]	石明丽, 肖波, 江陆斌. 恶性疟原虫var基因的表达调控机制研究进展[J]. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志, 2021, 39(6): 719-724.
[5]	史善美, 陈军虎. 恶性疟原虫RIFIN蛋白的结构和功能研究进展[J]. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志, 2021, 39(2): 249-255.
[6]	张苍林, 聂仁华, 徐丹, 吕高伟, 王剑, 杨亚明, 邓艳, 刘言, 周红宁. 中缅边境地区恶性疟原虫Pfcrt、Pfmdr和PfK13基因多态性与体外药物敏感性相关性的分析[J]. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志, 2020, 38(5): 580-588.
[7]	叶升玉, 成依依, 李曼, 周红宁. 我国恶性疟原虫主要药物抗性研究[J]. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志, 2020, 38(5): 631-636.
[8]	周水茂, 涂祖武, 杨燕, 陈芳, 贾西帅. 环介导等温扩增检测恶性疟原虫与其他疟原虫的效果评价[J]. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志, 2020, 38(4): 423-428.
[9]	叶升玉, 成依依, 李曼, 周红宁. 恶性疟原虫抗药性分子标记检测方法研究进展[J]. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志, 2020, 38(4): 490-495.
[10]	李仁清, 王小梅, 孙玉兰, 吕燕宁, 窦相峰, 王全意. 宏基因组学二代测序技术在输入性疟疾诊断中的应用[J]. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志, 2019, 37(6): 727-729.
[11]	牟畇珊, 李璐杰, 吴银娟, 李学荣. 疟原虫青蒿素耐药分子机制探索[J]. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志, 2018, 36(6): 636-642.
[12]	刘纯, NdoumadiambaALFRED, MounzieGouGNONDA. 胶体金恶性疟原虫检测试剂盒在非洲加蓬的临床应用[J]. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志, 2018, 36(6): 679-680.
[13]	毛强, 裴福全, 岑咏珍, 刘梦然, 张豪, 邓卓晖. 广东省1例输血性恶性疟病例的实验室检测和溯源调查[J]. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志, 2018, 36(5): 529-533.
[14]	王志华, 魏春燕, 王恒. 恶性疟原虫非编码RNA的研究进展[J]. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志, 2018, 36(4): 409-413.
[15]	董莹1*，邓艳1，徐艳春1，陈梦妮1，毛祥华1，孙艾明2，王剑1. 不同感染来源恶性疟原虫裂殖子表面蛋白3基因多态性分析及抗原表位预测[J]. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志, 2018, 36(3): 3-210-217.