中华按蚊幼虫肠道细菌宏基因组的组成研究

中国寄生虫学与寄生虫病杂志 ›› 2013, Vol. 31 ›› Issue (2): 7-114-119.

中华按蚊幼虫肠道细菌宏基因组的组成研究

南春燕1,2，马雅军2 * ，徐建农3，梁健1

陕西师范大学生命科学学院，西安 710062；2 第二军医大学病原生物学教研室，上海 200433；3 Biology Department, New Mexico State University, Las Cruces, NM 88003, USA

出版日期:2013-04-30 发布日期:2013-07-02

Taxonomic Composition of Metagenomic Community in the Larval Gut of Mosquito Anopheles sinensis(Diptera ∶ Culicidae)

NAN Chun-yan1,2，MA Ya-jun2 *，XU Jian-nong3，LIANG Jian1

1 College of Life Sciences, Shaanxi Normal University, Xi'an 710062, China; 2 Department of Pathogen Biology, The Second Military Medical University, Shanghai 200433, China; 3 Biology Department, New Mexico State University, Las Cruces, NM 88003, USA

Online:2013-04-30 Published:2013-07-02

摘要/Abstract

摘要： 目的了解野外采集的中华按蚊幼虫肠道细菌的多样性。方法应用高通量测序技术测定采自上海嘉定稻田（分成两组，即L1和L2）和海南文昌渗出小积水（AS）的中华按蚊幼虫肠道细菌16S rDNA V4变异区序列，应用Qiime和Mothur等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元（OTUs）数量，分析物种的丰度、分布和Alpha多样性，以及物种丰度的差异性。结果本研究获得用于分析的序列和OTU数为253 724/3 930（L1）、225 203/4 312（L2）和73 990/2 380（AS）；稀疏曲线表明测序深度充分，OTU的数量接近实际情况。L1、L2和AS等3个样品的丰富度指数分别为5 942.61/6 534.88、6 328.17/7 235.89和4 228.66/5 651.20，多样性指数分别为4.63/0.03、5.10/0.02和0.14/3.94。中华按蚊幼虫肠道优势菌种均隶属变形菌门，分别占87%（AS）和90%（L），除此之外，共有的优势门还有厚壁菌门、拟杆菌门和放线菌门。比较样品L与AS的细菌丰度，发现除变形菌门和异常球菌-栖热菌门外，其余18门均差异显著；样品L1和L2相比，仅9个门差异显著。结论获得了稻田和海边渗出水环境中华按蚊幼虫肠道细菌的均匀度、丰富度和菌群结构。

关键词: 中华按蚊, 幼虫, 细菌菌群, 高通量测序

Abstract: Objective To investigate the bacteria diversity in larval gut of field-collected Anopheles sinensis. Methods The 16S rDNA V4 region of An. sinensis larvae collected from paddy on Jiading District of Shanghai （L1/L2）and small seeping water on Wenchang City of Hainan（AS） was sequenced by high-throughput pyrosequencing. Using Qiime and Mothur softwares, the number of sequences and operational taxonomic units（OTUs） for each sample was sorted and calculated, the species abundance and distribution, Alpha diversity index and difference times of species abundance among samples were analyzed. Results The number of sequences and OTUs for each sample were 253 724/3 930（L1）, 225 203/4 312 （L2） and 73 990/2 380 （AS）. The rarefaction curves showed that adequate sampling was achieved. The number of OTUs was close to actual situation. The value of richness index was 5 942.61/6 534.88（L1）, 6 328.17/7 235.89（L2） and 4 228.66/5 651.20 （AS）; diversity index was 4.63/0.03 （L1）, 5.10/0.02 （L2） and 0.14/3.94 （AS）. The dominant species of An. sinensis larvae gut microbiota all belonged to the phylum Proteobacteria, with a percentage of 87%（AS） and 90% （L）. In addition, the dominant phyla among them were Firmicutes, Bacteroidetes and Actinobacteria. The comparison of bacterial abundance between L and AS showed that there were 18 phyla with significant difference, except the Proteobacteria and Deinococcus-Thermus; only 9 phyla were different significantly between L1 and L2. Conclusion Evenness and richness of bacteria flora in the An. sinensis larvae gut collected from paddy and small seeping waters were obtained.

Key words: Anopheles sinensis, Larva, Bacterial flora, High-throughput sequencing

南春燕1,2，马雅军2 * ，徐建农3，梁健1. 中华按蚊幼虫肠道细菌宏基因组的组成研究[J]. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志, 2013, 31(2): 7-114-119.

NAN Chun-yan1,2，MA Ya-jun2 *，XU Jian-nong3，LIANG Jian1. Taxonomic Composition of Metagenomic Community in the Larval Gut of Mosquito Anopheles sinensis(Diptera ∶ Culicidae)[J]. Chinese Journal of Parasitology and Parasitic Diseases, 2013, 31(2): 7-114-119.

[1]	覃裴溪, 周彩显, 鲁志刚, 张碧瀛, 周涛勋, 胡敏. 粪类圆线虫感染性Ⅲ期幼虫和寄生性雌虫miRNA的鉴定[J]. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志, 2023, 41(4): 412-420.
[2]	谢宜, 王莹, 王旭, 施丹丹, 付梅花, 李春阳, 伍卫平, 丹巴泽里, 廖沙, 张凯歌, 邓雪莹, 官亚宜. 基于高通量测序的家犬粪便寄生虫病原调查[J]. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志, 2023, 41(3): 325-330.
[3]	郝会囡, 程永康, 张茹, 韩璐璐, 宋艳艳, 龙绍蓉, 刘若丹, 张玺, 王中全, 崔晶. 旋毛虫新生幼虫可溶性抗原的免疫蛋白组学分析[J]. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志, 2023, 41(2): 176-182.
[4]	郑丹, 林陈鑫, 蔡武卫, 谢汉国. 2019—2021年福建省海鱼异尖线虫幼虫感染情况调查[J]. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志, 2023, 41(2): 238-240.
[5]	师伟芳, 田珍灶, 周敬祝, 黄学平, 周雪梅, 吴国艳, 李琼, 廖启浪, 王丹. 2018—2020年贵州省中华按蚊抗药性调查研究[J]. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志, 2023, 41(1): 108-111.
[6]	贺志权, 胡亚博, 王丹, 张红卫, 刘颖, 杨成运, 钱丹, 纪鹏慧, 蒋甜甜, 鲁德领. 河南省部分地区中华按蚊对杀虫剂抗药性的监测[J]. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志, 2023, 41(1): 117-120.
[7]	吕文祥, 程鹏, 彭荟, 王海洋, 刘宏美, 王海防, 郭秀霞, 公茂庆, 刘丽娟. 淡色库蚊不同发育阶段肠道菌群多样性分析[J]. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志, 2022, 40(4): 460-467.
[8]	仲顺虎, 孙玥, 郭小腊, 郑亚东, 陈轶霞. 多房棘球蚴感染小鼠脾淋巴细胞中差异表达miRNA的鉴定及其生物信息学分析[J]. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志, 2022, 40(3): 288-294.
[9]	张可心, 刘文娟, 张心雨, 张倩, 张瑞玲, 张忠. 实验室品系家蝇幼虫肠道可培养细菌的分离、鉴定与产消化酶活性分析[J]. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志, 2022, 40(3): 355-361.
[10]	王国英, 陈丹丹, 郑学礼, 李祥会, 张浩, 张军, 滕铁山. 旋毛虫成囊幼虫的感染性与其发育阶段的关系[J]. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志, 2020, 38(6): 785-788.
[11]	张雨璐, 王洋, 白雪, 唐斌, 胡晓祥, 张春玲, 刘明远, 刘晓雷. 旋毛虫和伪旋毛虫肌幼虫时期排泄分泌产物iTRAQ法蛋白质组学分析[J]. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志, 2020, 38(1): 47-53.
[12]	彭恒, 陈翰明, 陈辉莹, 王琰, 李翔宇, 李基旭, 杨振洲, 马雅军. 我国赫坎按蚊种团的分子鉴别及中华按蚊的区系分布研究[J]. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志, 2020, 38(1): 58-67.
[13]	邓小强, 丁敬华. 2009-2018年抚顺市输入性疟疾疫情分析[J]. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志, 2019, 37(4): 497-500.
[14]	王国英, 李祥会. 旋毛虫肌幼虫在小鼠体内发育的实验观察[J]. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志, 2019, 37(2): 235-237.
[15]	冯欣宇1,4，马雅军1 ，徐建农2，梁江涛3，夏爱3. 中华按蚊丝氨酸蛋白酶抑制因子14（SRPN14*）基因的多态性和进化研究[J]. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志, 2015, 33(4): 1-241-246.