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中国科学技术信息研究所每年出版的《中国科技期刊引证报告》（核心版）定期公布中国科技论文与引文数据库收录的中国科技论文统计源期刊的二十余个科学计量指标。1999年开始，以此指标为基础，研制了中国科技期刊综合评价指标体系。采用层次分析法，由专家打分确定了重要指标的权重，并分学科对每种期刊进行综合评定。2002年公布了第一届中国百种杰出学术期刊名单。
近年来，先后以期刊评估为主题召开了近三十次不同学科、不同层面的专家研讨会。2010年再次根据指标体系实施应用以来我国学术期刊的变化趋势和实际状况，修订了期刊指标体系，对期刊的指标权重进行了重新核定。在此基础上推出2009年中国百种杰出学术期刊。
评选结果见附件:
