中国寄生虫学与寄生虫病杂志 ›› 2007, Vol. 25 ›› Issue (3): 10-205.
吕刚1,2;余新炳2;黄灿2;徐劲2;吴忠道2;陈守义2;胡旭初2
LU Gang 1,2;YU Xin-bing2;HUANG Can2;XU Jing2;WU Zhong-dao2;CHEN Shou-yi2,HU Xu-chu2
摘要: 【摘要】 目的 应用生物信息学分析软件预测日本血吸虫乳酸脱氢酶(SjLDH)氨基酸序列的结构与功能。 方法 应用NCBI、Expasy等在线生物信息学网站及Vector NTI、PCgene等软件包分析SjLDH与其他物种的同源序列,进行多序列同源比对,分析相同的保守位点及催化活性位点,构建分子进化树;预测二级结构、拓扑结构;同源模建预测三级结构;预测主要抗原表位等。 结果 SjLDH与其他物种的同源序列含相同的保守位点及催化活性位点,与华支睾吸虫LDH(CsLDH)同源性最高为75%,与阴道毛滴虫LDH(TvLDH)同源性最低为17%,与人LDH(HsLDH-A,-B,-C)的同源性为58%~60%; SjLDH与果蝇(DmLDH)的进化距离较秀丽隐杆线虫(CeLDH)为近,3种人LDH中与HsLDH-B、-C的进化距离较HsLDH-A为近;该蛋白具有3个跨膜区域,3个高亲水性区域,主要的线性表位98aa~106aa位于膜外,与原虫LDH相同区域差异显著,而与其他LDH有1~3个氨基酸的差异,关键催化位点之一及底物丙酮酸结合区域位于该区域,蛋白质同源模建分析表明该区域位于蛋白表面形成环状结构,3个关键催化位点位于该区域或在其附近。 结论 生物信息学预测结果提示LDH是研究物种分子进化理想的分子;SjLDH可能是免疫诊断、药物作用及疫苗潜在的靶分子。