新的具有高度多态性的日本血吸虫微卫星位点的鉴定

中国寄生虫学与寄生虫病杂志 ›› 2008, Vol. 26 ›› Issue (2): 6-109.

新的具有高度多态性的日本血吸虫微卫星位点的鉴定

殷明波1,2,朱根凤3,张祥林3,徐斌2,莫筱瑾2,孙胜强1,2,王升跃3,David Blair4,胡薇2,冯正2 *

1 华东理工大学，生物工程学院，上海 200237；2 中国疾病预防控制中心寄生虫病预防控制所，世界卫生组织疟疾、血吸虫病和丝虫病合作中心，卫生部寄生虫病原与媒介生物学重点实验室，上海 200025；3 国家人类基因组南方研究中心，上海 201323；4 詹姆斯库克大学，海洋与热带生物学院，汤斯维尔市 4811.

收稿日期:1900-01-01 修回日期:1900-01-01 出版日期:2008-04-30 发布日期:2008-04-30
通讯作者: 冯正

New Polymorphic Microsatellite Loci Identified Using Genomic Resource for Schistosoma japonicum

YIN Ming-bo1,2,ZHU Gen-feng3,ZHANG Xiang-lin3,XU Bin2,MO Xiao-jin2,SUN Sheng-qiang1,2,WANG Sheng-yue3,David Blair4,HU Wei2,FENG Zheng2 *

1 College of Biotechnology，East China University of Science and Technology，Shanghai 200237，China； 2 National Institute of Parasitic Diseases，Chinese Center for Disease Control and Prevention，WHO Collaborating Centre for Malaria，Schistosomiasis and Filariasis，Shanghai 200025，China；3 China National Human Genome Research Center at Shanghai，Shanghai 201323，China；4 School of Marine and Tropical Biology，James Cook University，Townsville，Queensland 4811，Australia

Received:1900-01-01 Revised:1900-01-01 Online:2008-04-30 Published:2008-04-30
Contact: FENG Zheng

摘要/Abstract

摘要： 目的从基因组序列中选择和设定新的、可用于研究日本血吸虫多态性的微卫星位点。方法 672个日本血吸虫标本取自安徽、江西、湖南、湖北和四川等5省的7个流行区现场。根据日本血吸虫基因组数据库中的初始数据设计引物，对标本的17个全新的日本血吸虫微卫星位点进行分析。用GenMapper 4.0 软件（Applied Biosystems）进行初始数据处理，用GenClone 1.0软件计算种群内各标本的遗传距离；用GenAlEx6软件统计等位基因的变化；用GenClone 1.0 软件计算种群内各标本的遗传距离；用UPGMA 谱系图分析种群间遗传距离。结果 17个微卫星位点均呈现多态性。对江西都昌种群的这17个位点进行分析，标本之间的遗传距离大多为25～32，显示江西都昌种群内各个标本之间的遗传差异明显。对7个地区种群分析的结果显示种群间的差异较为明显。类平均法系统聚类分析（UPGMA）谱系图显示，江西都昌、安徽铜陵、湖北沙市和湖南常德的种群同为一簇，其遗传距离为0.017 8～0.036 3；安徽贵池和湖南岳阳的为另外一簇，其遗传距离为0.024 7；而四川西昌单独为一簇，与其他两簇的遗传距离为0.019 2～0.069 3。结论选择的17个微卫星位点可作为研究日本血吸虫种群遗传学的有效标记，并揭示中国大陆该虫种存在着复杂的遗传变异。

关键词: 日本血吸虫, 微卫星, 多态性, 中国

Abstract: Objective To identify new microsatellite loci from genome sequence database for the study of polymorphicsm of Schistosoma japonicum. Methods Schistosoma japonicum isolates were obtained from seven endemic sites in China： Tongling and Guichi counties of Anhui Province， Duchang county of Jiangxi Province， Changde and Yueyang Cities of Hunan Province， Shashi City of Hubei Province， Xichang City of Sichuan Province. In order to study the genetic variance， genomic DNAs of 96 individual adult worms were screened against 17 new Schistosoma japonicum microsatellites and the raw data were analyzed by GenMapper 4.0. Furthermore, the varieties of alleles were inverstigated using GenAlEx 6 and genetic distances within a subpopulation (GenClone) and among populations(UPGMA, MEGA 3.1) were analyzed. Results High levels of polymorphism were found between and within population samples， and significant genetic diversity was observed among the seven subpopulations.Within Jiangxi population, most genetic distances (17 loci) among samples range from 25 to 32, indicating a significant genetic diversity. There are three clusters among the seven populations: Jiangxi, Tonglin, Shashi and Changde population, with the genetics distances ranging from 0.017 8 to 0.036 3; Guichi and Yueyang population belong to another cluster, with the genetic distance of 0.024 7; However, Xichang population is an unique group. Its genetic distances to other populations are notable with a range from 0.019 2 to 0.069 3. Conclusion The 17 new polymorphic microsatellites identified may be used as suitable markers for the study on population genetics of Schistosoma japonicum and the genetic variance of the worms seems to be complicated.

Key words: Schistosoma japonicum, Microsatellite, Polymorphism, China

殷明波;朱根凤;张祥林;徐斌;莫筱瑾;孙胜强;王升跃;DavidBlair;胡薇;冯正. 新的具有高度多态性的日本血吸虫微卫星位点的鉴定[J]. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志, 2008, 26(2): 6-109.

YINMing-bo;ZHUGen-feng;ZHANGXiang-lin;XUBin;MOXiao-jin;SUNSheng-qiang;WANGSheng-yue;DavidBlair;HUWei;FENGZheng*. New Polymorphic Microsatellite Loci Identified Using Genomic Resource for Schistosoma japonicum[J]. Chinese Journal of Parasitology and Parasitic Diseases, 2008, 26(2): 6-109.

[1]	谭潇, 朱琪, 刘众齐, 李佳, 彭丁晋. 日本血吸虫Sj26gst mRNA候选疫苗的免疫原性研究[J]. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志, 2023, 41(5): 546-551.
[2]	刘华熳, Bikash Giri, 方传涛, 郑亚萌, 吴慧欣, 曾敏浩, 李姗, 程国锋. 日本血吸虫m6A修饰的性别相关circRNA鉴定[J]. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志, 2023, 41(5): 552-558.
[3]	兰炜明, 徐慧, 徐银, 邱婷婷, 谢曙英, 邓凤林, 胡绍良, 刘欢, 郭家钢, 曾小军. 荧光定量PCR用于日本血吸虫感染高危环境早期预警的研究[J]. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志, 2023, 41(4): 502-505.
[4]	张丽, 易博禹, 尹建海, 夏志贵. 2022年全国疟疾疫情特征分析[J]. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志, 2023, 41(2): 137-141.
[5]	蒉嫣, 薛垂召, 王旭, 刘白雪, 王莹, 王立英, 杨诗杰, 韩帅, 伍卫平, 肖宁. 2021年全国棘球蚴病防治进展[J]. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志, 2023, 41(2): 142-148.
[6]	周正斌, 潘改芹, 李元元, 刘琴, 杨丽敏, 李中秋, 马志涛, 张仪, 李石柱. 2021年我国内脏利什曼病疫情分析[J]. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志, 2023, 41(2): 149-155.
[7]	盛慧锋, 周晓农, 余森海, 汤林华, 冯正, 李石柱, 薛纯良, 吴观陵, 余新炳, 温廷桓, 程训佳, 潘卫庆, 胡薇, 苏川, 汪天平, 吴忠道, 陈勤, 张争艳, 戴菁, 李菂, 刘雨舟, 曹建平. 《中国寄生虫学与寄生虫病杂志》创刊40年发展历程[J]. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志, 2023, 41(1): 1-9.
[8]	王晓玲, 张卫, 易存, 陈祥宇, 杨文彬, 徐斌, 胡薇. SjGPR89蛋白对日本血吸虫生长发育的影响[J]. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志, 2022, 40(6): 701-707.
[9]	陈果, 朱丹丹, 段义农. 免疫调节蛋白B7家族在日本血吸虫感染免疫调节中的研究进展[J]. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志, 2022, 40(6): 774-779.
[10]	严晓岚, 闻礼永, 熊彦红, 郑彬, 张剑锋, 汪天平, 俞丽玲, 许国章, 林丹丹, 周晓农. 《日本血吸虫抗体检测标准酶联免疫吸附试验法》解读[J]. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志, 2022, 40(6): 798-800.
[11]	韦开文, 曾红霞, 何牧, 胡俊杰. 浣熊贝氏蛔虫核糖体基因和线粒体基因分析[J]. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志, 2022, 40(5): 594-602.
[12]	汤宪时, 季文翔, 熊春蓉, 周永华, 许永良, 仝德胜. 晚期日本血吸虫感染小鼠焦虑样行为学研究[J]. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志, 2022, 40(5): 622-628.
[13]	梁乐, 张璟, 沈玉娟, 胡媛, 曹建平. 环鸟苷酸腺苷酸促日本血吸虫感染小鼠肝虫卵肉芽肿形成及纤维化[J]. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志, 2022, 40(4): 441-445.
[14]	罗晓平, 李军燕, 高娃, 耿万恒, 王瑞, 胡薇, 乔蕾, 邵国玉, 杨晓野. 捻转血矛线虫耐伊维菌素候选基因的多态性分析[J]. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志, 2022, 40(4): 536-539.
[15]	李真, 郭晓奎, 王月祥, 郑彬, 周晓农. 基于SWOT分析的中国全健康发展策略研究[J]. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志, 2022, 40(3): 271-277.