牛带绦虫亚洲亚种苹果酸脱氢酶基因的生物信息学分析

中国寄生虫学与寄生虫病杂志 ›› 2008, Vol. 26 ›› Issue (3): 17-227.

牛带绦虫亚洲亚种苹果酸脱氢酶基因的生物信息学分析

黄江¹ ^*，胡旭初²，黄艳²，余新炳²，包怀恩¹，郎书源¹，廖兴江¹

1 贵阳医学院寄生虫学教研室，贵阳 550004；2 中山大学中山医学院寄生虫学教研室，广州 510080

收稿日期:1900-01-01 修回日期:1900-01-01 出版日期:2008-06-30 发布日期:2008-06-30

Informatics Analysis of Malate Dehydrogenase from Taenia saginata asiatica

HUANG Jiang^{1 *}， HU Xu-chu²， HUANG Yan²， YU Xin-bing²，BAO Huai-en¹， LANG Shu-yuan¹， LIAO Xing-jiang¹

1 Department of Parasitology, Guiyang Medical University, Guiyang 550004, China; 2 Department of Parasitology, Sun Yat-sen Medical College, Sun Yat-sen University, Guangzhou 510080, China

Received:1900-01-01 Revised:1900-01-01 Online:2008-06-30 Published:2008-06-30

摘要/Abstract

摘要： 利用美国国家生物技术信息中心（NCBI）和瑞士生物信息学研究所的蛋白分析专家系统（ExPASY）中有关基因和蛋白的序列和结构信息分析工具，结合其他生物信息学分析软件包进行分析。牛带绦虫亚洲亚种苹果酸脱氢酶（MDH）基因是全长基因，长度为1 212 bp，编码区为30～1 028 bp，编码332个氨基酸，无跨膜区，具有多个磷酸化位点，蛋白理化性质稳定；预测3个主要的抗原表位（aa95～aa100、aa322～aa327和aa117～aa122）在MDH空间结构上相距较远的分子表面，aa117～aa122属于带绦虫共有的线性抗原表位。预测胞桨型苹果酸脱氢酶是一个潜在的诊断抗原。

关键词: 牛带绦虫亚洲亚种, 苹果酸脱氢酶, cDNA, 生物信息学

Abstract: Tools from bioinformatics websites such as NCBI， ExPaSy were used for the analysis. The malate dehy-drogenase full-length gene from Taenia saginata asiatica was 1 212 bp in length， with a coding region of 30-1 028 bp and coding 332 amino acids. It was a complete and full-length gene compared with the homologues in GenBank. The protein showed no transmembrane region， with stable phycical-chemical characteristics. Three major linear epitopes located aa95-aa100, aa322-aa327 and aa117-aa122, with certain distance from each other on the surface of spatial structure of malate dehydrogenase（MDH）. The last one was the linear epitope of Taenia. This cytosolic malate dehydrogenase gene is a potential antigen for diagnosis.

Key words: Taenia saginata asiatica, Malate dehydrogenase（MDH）, cDNA, Bioinformatics

黄江;胡旭初;黄艳;余新炳;包怀恩;郎书源;廖兴江. 牛带绦虫亚洲亚种苹果酸脱氢酶基因的生物信息学分析[J]. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志, 2008, 26(3): 17-227.

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