五条蚋细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ（COⅠ）基因的生物信息学分析

中国寄生虫学与寄生虫病杂志 ›› 2010, Vol. 28 ›› Issue (6): 17-473-475.

五条蚋细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ（COⅠ）基因的生物信息学分析

罗洪斌¹，杨明^{2 *}，陈汉彬²

1 湖北民族学院医学院生化教研室，恩施 445000； 2 贵阳医学院生物教研室，贵阳 550004

出版日期:2010-12-31 发布日期:2011-03-07

Bioinformatics Analysis of COⅠ Gene of Simulium quinquestriatum

LUO Hong-Bin¹，YANG Ming^{2 *}，CHEN Han-Bin²

1 Department of Biochemistry，Medical School，Hubei University for Nationalities，Enshi 445000，China；
2 Department of Biology，Guiyang Medical College，Guiyang 550004，China

Online:2010-12-31 Published:2011-03-07

摘要/Abstract

摘要： 【提要】以五条蚋基因组DNA为模板PCR扩增其COⅠ基因序列，将所得片段克隆入pMD18-T载体，转化大肠埃希菌DH5α，筛选阳性克隆。经PCR与双酶切鉴定，获得阳性重组质粒pMT18-T-COⅠ，测序后作序列分析和同源性比较。结果表明，从五条蚋DNA中扩增出COⅠ基因及5′端tRNA-Tyr基因和3′端tRNA-Leu基因部分片段共1 621 bp，其中COⅠ基因序列长度为1 542 bp（GenBank登录号为DQ534949），与预期相符，该基因开放阅读框编码513个氨基酸，编码蛋白等电点为5.84，相对分子质量为Mr 5 650，具有COⅠ基因的核心保守结构域。与GenBank已知基因（登录号为AY251520）的序列一致性为99%。

关键词: 五条蚋, COⅠ基因, 克隆, 生物信息学

Abstract: 【Abstract】 The genomic DNA was extracted from Simulium quinquestriatum （Sq） and its COⅠ gene was amplified by PCR. The PCR product was purified and cloned into plasmid pMD18-T vector. The recombinant plasmid was transformed into Escherichia coli DH5α and then identified by digestion with restriction enzyme and PCR amplification. The amplified frac-tions （1 621 bp） included complete COⅠ gene （1 542 bp, GenBank accession number： DQ534949）， 5′ tRNA-Tyr and 3′ tRNA-Leu partial fraction. The COⅠ gene sequence had a high identity （99%） with that of S. quinquestriatum （GenBank accession number： AY251520）. Bioinformatics analysis showed that the Sq-COⅠopen reading frame encoded a 513-amino acid protein with Mr 5 565, pI 5.84. Structural prediction showed this protein possessed a conservative domain of COⅠ gene.

Key words: Simulium quinquestriatum, COⅠ, Clone, Bioinformatics

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