广州管圆线虫的生物信息学分析

中国寄生虫学与寄生虫病杂志 ›› 2009, Vol. 27 ›› Issue (3): 21-250.

广州管圆线虫的生物信息学分析

徐世三, 倪芳, 罗大民*

厦门大学生命科学学院, 厦门 361005

收稿日期:1900-01-01 修回日期:1900-01-01 出版日期:2009-06-30 发布日期:2009-06-30
通讯作者: 罗大民

Expressed Sequence Tags （ESTs） Analysis of Angiostrongylus cantonensis

XU Shi-san, NI Fang, LUO Da-min*

School of Life Sciences, Xiamen University, Xiamen 361005

Received:1900-01-01 Revised:1900-01-01 Online:2009-06-30 Published:2009-06-30
Contact: LUO Da-min

摘要/Abstract

摘要： 从GenBank下载1 277条广州管圆线虫的表达序列标签（EST）, 用BlastX比对分析, 并用SignalP V3.0预测潜在的抗原或过敏原相关蛋白N端是否具有分泌信号肽或信号锚定肽。结果显示, 得分值＞100有614条, 其中14条与广州管圆线虫一致, 540条与其他物种的相关蛋白相匹配, 60条与数据库中序列无同源性。614条序列可分为10类, 抗原或过敏原相关蛋白有80条, 编码22种蛋白, 其中12种具有分泌信号肽, 3种具有信号锚定肽。

关键词: 广州管圆线虫, 表达序列标签, 分泌-排泄蛋白, 分泌信号肽, 信号锚定肽

Abstract: A total of 1 277 ESTs of Angiostrongylus cantonensis were downloaded from GenBank and analyzed with BlastX. SignalP V3.0 analysis was applied to predict potential putative antigen or allergen relative proteins with N-terminal secreted signal peptides or signal anchors. BlastX analysis showed that there were 614 ESTs scored more than 100, of which 14 were identical with A. cantonensis, 60 ESTs did not match any proteins in the databases. The identified 614 ESTs could be grouped into 10 categories, 80 ESTs expressed 22 antigen or allergen relative proteins, in which 12 had N-terminal secreted signal peptides and 3 had signal anchors.

Key words: Angiostrongylus cantonens, Expressed sequence tag, ES protein, secretory signal, Signal anchor

徐世三;倪芳;罗大民. 广州管圆线虫的生物信息学分析[J]. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志, 2009, 27(3): 21-250.

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